Saint-Pabu était de 1624 à 1805 une trève de Ploudalmézeau, c'est-à-dire qu'elle dépendait de Ploudalmézeau qui était la paroisse mère. Son Recteur est alors un Vicaire de Ploudalmézeau attaché à la trève de Saint-Pabu.

En 1805, Saint-Pabu devient une paroisse indépendante de Ploudalmézeau suite à la Signature du Concordat de 1801.

Aujourd'hui, la paroisse de Saint-Pabu fait partie de la paroisse Saint-Mathieu en Pays d'Iroise, qui regroupe les communautés chrétiennes locales de Brélès, Guipronvel, Île d'Ouessant, Île Molène, Lamber, Lampaul-Plouarzel, Lampaul-Ploudalmézeau, Landunvez, Lanildut, Lanrivoaré, Le Conquet, Milizac, Plouarzel, Ploudalmézeau, Plougonvelin, Plouguin, Ploumoguer, Plourin-Ploudalmézeau, Porspoder, Portsall, Saint-Pabu, Saint-Renan, Trébabu, Tréouergat, Trézien.